Doctor en Lingüística y magíster en Sociología por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Miembro de la Asociación de Lingüística y Filología de América Latina (ALFAL). Jairo Valqui ha sido coordinador académico del Programa de Especialización en Educación Intercultural Bilingüe para Formadores de docentes en ámbitos rurales y urbanos que desarrolló la UNMSM en convenio con el Minedu entre los años 2016-2017. Entre los años 2008 y 2014 fue parte fundamental en el desarrollo del Programa Descentralizado en Formación de Docentes en Educación Intercultural Bilingüe, Nivel Primaria en Selva Central, primero, como coordinador local para la Asociación Regional de Pueblos Índigenas de Selva Central y luego como coordinador académico para la Facultad de Educación de la UNMSM. Actualmente, es docente asociado en el Departamento de Lingüística de la UNMSM. Entre sus áreas de interés académico, destacan la documentación y descripción de lenguas andinas y amazónicas en el Perú. En la actualidad, investiga las características del quechua de Amazonas, así como los vestigios de la lengua chachapoya, lengua que hablaron los pueblos preincaicos de las provincias de Bongará, Chachapoyas, Luya y Rodríguez de Mendoza en el departamento de Amazonas (Perú).
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